Чтобы убедится что named в chroot-е, выполним команду:
ps -ax | grep named
Если в выводе видим что-то на подобие этого /var/named/chroot , значит named в chroot-е.
Чтобы исправить это, выполняем следующие действия:
1) перемещаем файлы зон с /var/named/chroot/var/named в /var/named
cd /var/named/chroot/var/named
mv -f * /var/named
2) перемещаем конф и rndc.key с /var/named/chroot/etc/named.conf в /etc/named.conf
cd /var/named/chroot/etc
mv -f named.conf /etc/named.conf
mv -f rndc.key /etc/rndc.key
3) Комментируем параметр ROOTDIR в файле /etc/sysconfig/named
4) перезапускаем named